apache2のエラーログを確認したらスクリプトの　use CGI;　の行で止まることが確認できました。調べたところ、perlのモジュールの１つ、CGI.pmを読み込む動作だということでした。Synapticで探したら CGI.pmは見つからなかったけれど libcgi-pm-perl というのがあったのでインストールしてみたら、やっと500Internal server Error にならずCGIが動きました。
しかし今度はパーミッションを正しく設定しているはずなのにCSSを読み込んでくれない。これはcgi-binフォルダ以下のファイルはすべてCGIとして認識するからで、どうやらそれぞれの拡張子にあった動作をAddHandlerで設定してやればいいようです。それでやっと狙い通りに動くようになりました。
画像もちゃんとアップできますね。